En milieu naturel, le Capybara se cache dans les buissons denses. Il vit en petit groupe, avec un mâle dominant, une ou plusieurs femelles, de jeunes individus ainsi que des mâles soumis. Durant la saison sèche, des groupes de plus de 100 individus se rassemblent autour des points d'eau. Ils communiquent entre eux par divers cris: aboiements, sifflements, grognements et cliquetis. Ils utilisent aussi leurs odeurs pour communiquer.