L'Écureuil gris peut être atteint de la gale, la peau devenant dénudée aux endroits atteints. Les Écureuils affaiblis succombent souvent aux froides températures de l'hiver ou aux infections, ou deviennent des proies faciles pour les prédateurs. Les tiques, les puces, les poux, les vers ronds et les ténias sont les autres parasites de l'Écureuil gris.