Son pelage peut être gris ou noir, ce qui porte les gens à croire qu'il s'agit de deux espèces distinctes. Le noir est souvent la couleur dominante dans le nord de l'aire de répartition de l'espèce. Plus au sud, le noir est moins fréquent, et il ne se trouve aucun Écureuil noir dans le Sud des États-Unis. Le gène de la pigmentation noire traduirait une adaptation aux basses températures.