De toutes les plantes aquatiques, les quenouilles constituent l'aliment préféré du Rat musqué. Il semble cependant s'accommoder tout aussi bien de joncs, de queues-de-cheval ou de potamots, ces deux dernières plantes formant d'ailleurs la base de son alimentation dans les régions septentrionales. Il se nourrit également d'une variété d'autres plantes, dont le carex, le riz sauvage et l'osier.